Panaitios, der in wohlhabenden Verhältnissen aufgewachsen ist, gilt als der Begründer der mittleren Stoa. Nachdem der Grieche von Diogenes in Athen die Philosophie erlernte, verbrachte er viel Zeit seines Lebens in Rom. Er gilt als wichtiges Bindeglied, das die stoische Philosophie ins römische Reich hinein verbreitete, da er dort mit vielen hochstehenden Personen, insbesondere Politikern, verkehrte. Beispielsweise begleitete er den bedeutenden Feldherrn Scipio auf seinem Feldzug gegen Carthago und unterrichtete ihn und andere bedeutende Römer in der Philosophie der Stoa.
Jedoch veränderte er die stoische Lehre dabei in mehreren zentralen Punkten, z.B. was einige mythologische Vorstellungen oder die Systematisierung der Kräfte der Seele angeht, die er in eine neue Struktur fasste und vereinfachte. Er lockerte die strengen Auffassungen der früheren Stoiker und vertrat eine mildere Version der stoischen Philosophie, indem er zum Beispiel die Spannung zwischen Körper und Geist aufhob, die bis dahin das stoische Denken beherrschte, indem er sie im Gefühl des Menschen als Gesamtorganismus aufhob. Er ließ sogar die Anhäufung äußerer Güter als erstrebenswert zu.
Als deutlich milderer Vertreter der Stoa und aufgrund seiner Rolle in der Verbreitung der stoischen Philosophie hinein ins römischen Reich, läutete er eine neue Phase des Stoizismus, die “mittlere Stoa” ein.
Seine Philosophie bejahte die Unterschiede zwischen den Menschen in ihrer Prägung, ihren Anlagen und Schicksalen und versuchte diese im jeweiligen Fall zu berücksichtigen und in die Betrachtung der individuellen Lebensführung miteinzubeziehen. Dadurch machte er seine Philosophie auch für den römischen Adel attraktiv und stärkte die Stellung stoischer Ideen im Reich.
Obwohl er viel in Rom verkehrte, führte Panaitios von Rhodos lange Zeit die stoische Schule in Athen. Die meisten seiner Schriften sind leider verloren gegangen, doch wurde er viel von Cicero, dem Schüler seines Schülers, in seinem Werk zitiert.